Извлечение меланинов из клеток грибов по-прежнему сопровождается известными трудностями. В большинстве случаев для этой цели используется щелочная экстракция, часто при повышенной температуре и повышенном давлении и при значительной дезинтеграции клеточного материала или изолированных клеточных стенок. Но и тогда она бывает, как правило, неполной даже после неоднократной смены растворителя.

В последние годы все чаше применяют азот в качестве газовой фазы, что позволяет избежать нежелательного окисления пигмента кислородом воздуха при его экстракции. Некоторые исследователи старались также удалить предварительно из биомассы липиды и капсульные полисахариды, затрудняющие очистку осажденного подкислением пигмента.

Осаждение меланина проводят в довольно широком диапазоне значений pH. Изредка бывает достаточно pH 4-5, но чаше требуются более «кислые» значения вплоть до pH 1-2. Если осаждение протекает медленно, для ускорения коагуляции используют ацетон. Обработка полученного осадка различными растворителями удаляет продукты деструкции и разного рода загрязнения. При этом, однако, часть пигмента переходит в некоторые из этих веществ (чаше всего в спирт или ацетон). Таким образом получают фракции меланинов, которые очень характерны для многих (если не для большинства) изученных пигментов грибов.

Поскольку грибные меланины в большинстве случаев являются меланопротеидами, кислотный гидролиз помогает отделить белковую часть от собственно хромогенной. Кроме того, в составе некоторых пигментов был обнаружен полисахаридный компонент, для удаления которого также требуется соответствующая обработка материала. Повторное переосаждение повышает степень чистоты выделенного препарата. Эта общая схема имеет, однако, много вариантов применительно к индивидуальным объектам. Вследствие этого полученные и описанные в литературе препараты сильно различаются по степени «чистоты» или по степени деструкции.