В вопросе о физиологических функциях микробных меланинов еще очень много неясного, но уже наметилась тенденция отвечать на него неоднозначно. Действительно, если его рассматривать применительно к крупным таксономическим группам микроорганизмов (бактерии, актиномицеты, грибы), то окажется, что для каждой из них исследователями выдвигаются разные мотивы образования, или, по крайней мере, те или иные функции оказываются (или считаются) превалирующими.

В частности, у грибов при современном уровне знаний в качестве таковых можно рассматривать возможность осуществления меланопигментами защиты клеток: 1) от различных видов электромагнитных излучений, столь широко распространенных в природе и действующих во многих случаях как жесткий экологичекий фактор отбора и 2) от литического действия микробных энзимов, что также является приспособительной функцией меланиногенеза, которая повышает шансы на выживание некоторых видов грибов в условиях существования среди биологически активной почвенной микрофлоры.

Высказываются и некоторые другие точки зрения на физиологический смысл образования меланинов у грибов.

Нет также никаких оснований считать, что их меланопигментация не выполняет еще какие-то иные, не обнаруженные пока, биологические функции.