Методы выделения меланинов могут быть условно разделены на две группы. В первую входят методы экстракции самих пигментов, ко второй относятся способы, которые сводятся к устранению всех иных компонентов материала, кроме меланина. Это деление, разумеется, не абсолютно, и часто приемы той или другой группы методов применяются совместно. Извлечение меланинов экстракцией производят, когда пигмент способен эффективно в чем- то растворяться. В противном случае единственно возможный путь — в удалении всех посторонних материалов посредством кислотного гидролиза (тон или иной жесткости) с последующей экстракцией продуктов распада подходящими растворителями, причем вся процедура часто очень сложна и включает до 10—15 этапов.
К сожалению, ни один из существующих методов не дает полного успеха. Экстракция меланинов часто оказывается неполной, а очень энергичная гидролизующая обработка, хотя и устраняет большую часть загрязняющих веществ, но одновременно приводит к изменению структуры и свойств пигмента (что не исключено и в первом случае) или же вызывает образование новых черных пигментов, так называемых меланоидннов, которые своим появлением обязаны присутствию в материале белков с хромогенными аминокислотами (тирозином и триптофаном) и углеводов. Эти меланоидины своим видом и поведением столь похожи на настоящие меланины, что избавиться от них не было никакой возможности, пока не обнаружили, что они в отличие от истинных меланинов хорошо растворяются в тетрагидрофуране. Трудность получения меланинов в химически чистом виде проистекает также от их коллоидной природы и некристаллизуемоcти (аморфности).
Крайняя устойчивость многих меланинов к воздействию различных химических агентов, с одной стороны, затрудняет их извлечение, а с другой, играет положительную роль, позволяя успешно осуществлять освобождение этих веществ от более чувствительных к подобным обработкам примесей.
При извлечении микробных меланинов из целых или каким- то образом разрушенных клеток пользуются почти исключительно методами щелочной или кислотной экстракции.