Меланины грибов расположены в их клеточных стенках, будь то клеточные стенки мицелия, дрожжевых клеток, спор или таких переживающих стадий, как склероции (их поверхностные покровы). Именно там он был обнаружен в аскоспорах Neurospora tetrasperma (Lowry, Sussman, 1958), в спорах Mucor rouxii (Bartnicki-Garcia, Reyes, 1964), Stemphylium ilicis, St. sarciniforme, Altenaria tenuis, Coccosporium maculiforme, Humicola nigricans, Stachybotrys acta, Torula sp., Helminthosporium sativum (Durrell, 1964), в диктиоспорах Alternaria brassicicola (Campbell, 1968), в склероциях Sclerotium rolfsii и Botrytis cinerea (Chet et al., 1967, 1969; Chet, Henis, 1968a, b; 1969; Willetts, 1969), в гифах Rizoctonia solani и Cladosporium sp. (Potgieter, Alexander, 1966; Bloomfield, Alexander, 1967), в спорангиях Blastocladiella emersonii (Cantino, Horenstein, 1955) и у меланинсинтезирующего штамма Asp. nidulans (Булл, 1966; Kuo, Alexander,1967).Весь клеточный пигмент содержался в отделенных от протопласта клеточных стенках дрожжеподобной формы гриба Phialophora janselmii (Friis, Ottolengni, 1969). Аналогичная локализация оказалась характерной и для антарктических черных дрожжей Nadsoniella nigra var. hesuelica (Рубан, Волкова, Лях,1968).

Даррелл (Durrell, 1964) представил электронные микрофотографии срезов клеток темноокрашенных спор указанных выше видов, на которых показаны различные типы или, точнее, возможный характер распределения меланина в пределах клеточных стенок спор. Внутренний слой был бесцветный, снаружи от него лежал слабо пигментированный слой, покрытый более интенсивно пигментированным. Однако по количеству и распределению пигмента в этом внешнем слое споры могут сильно различаться. У одних (Stemphylium ilicis, Alternaria tenuis) он плотно инкрустирован пигментом, у других меланин рассеян по нему в виде отдельных гранул, плотно связанных с клеточной стенкой (Stemphylium sarciniforme) или легко с нее «слущивающихся» (Humicola nigricans), у третьих — наружный меланизированный слой подстилается хрупким слоем, который легко разрушается на некоторых участках, создавая гребневидную поверхность спор (Helminthosporium sativum, частично Torula sp.).